在本片中,终极反派宇宙大帝从天而降,驱使以天灾为首的恐惧兽掀起地球危机。绝境之中,蛰伏许久的巨无霸(兽形金刚)终觉醒,联合以擎天柱为首的汽车人们变形出发,一场前所未有的决战即将上演。故事的重头戏设置在世界七大奇迹之一的秘鲁马丘比丘,地球上还要什么地点是变形金刚们不能打上一架的呢?施国庆饰演的丸山英夫表面上是福建兴化日本商会会长,实际身份是帝国商务先遣团负责人,他借助日本商会会长的身份想与廖晞(侯勇 饰)合作,其真正目的是想在福建帮帝国攫取备战资源;还想骗取仙派雕刻艺术国宝,并唆使福建军阀张司令(许文广 饰)闹独立。